Pe 28 iunie 1940, Romania a primit un ultimatum din partea Uniunii Sovietice, prin care se cerea evacuarea administratiei civile si a armatei romane de pe teritoriul dintre Prut si Nistru cunoscut ca Basarabia si din partea nordica a regiunii Bucovina. In cazul in care retragerea nu s-ar fi facut in termenul impus de patru zile, Romania era amenintata cu razboiul.[1] Din cauza presiunilor conjugate ruso-germane venite de la Moscova si de la Berlin, administratia si armata romane s-au retras pentru a evita razboiul. Aceste evenimente s-au petrecut in context geopolitic mai larg, in care prin pactul expansionist Ribbentrop-Molotov din 23 august 1939, Germania nazista si Uniunea Sovietica isi impartisera in mod imperialist, sfere de influenta teritoriala in Europa Rasariteana, dupa care tot in 1939 a inceput cel de-al Doilea Razboi Mondial prin atacarea Poloniei de catre Germania hitlerista, la 1 septembrie 1939.
In cea mai mare parte a teritoriului ocupat, sovieticii au proclamat RSS Moldoveneasca, iar partea sudica a Basarabiei, Bugeacul, si nordul Bucovinei au fost alipite la RSS Ucrainiana. Odata cu proclamarea RSS Moldovenesti, RSSA Moldoveneasca, republica autonoma „moldoveneasca" de la rasarit de Nistru, a fost impartita intre cele doua republici sovietice vecine, Moldova sovietica si Ucraina. Ocupatia sovietica a fost intrerupta pentru scurta vreme in 1941, dupa ce Romania a declansat operatiunile militare de eliberare a teritoriilor ocupate de URSS ca parte a Operatiunii Barbarossa)[2], dar teritoriile au fost in cele din urma recuperate de sovietici in 1944.
Dupa moartea lui Stalin din 1953 si in special dupa anul 1956, persecutia etnicilor romani din Basarabia si Bucovina de nord a scazut treptat. Primele alegeri libere din RSS Moldoveneasca s-au tinut in climatul general al perestroicii in februarie 1990, iar controlul sovietic asupra acestei regiuni a incetat in august 1991, dupa tentiva de lovitura de stat de la Moscova si disolutia Uniunii Sovietice. In 1991, RSS Moldoveneasca a devenit noul stat independent Republica Moldova, in vreme ce Bucovina de nord si Bugeacul au ramas in componenta Ucrainei.