Sfantul Nectarie s-a nascut intr-o familie saraca de pe malul Marii Marmara. Parintii sai, Dimos si Maria Kefalas, i-au dat numele de Anastasios. La varsta de 14 ani a plecat la Constantinopol ca sa lucreze si sa se scoleasca.
In 1866, la varsta de 20 de ani, Sfantul Nectarie pleaca in insula Chios ca sa predea ca invatator. Aici devine calugar, cu numele de Lazar, la 7 noiembrie 1876, in celebra manastire Nea Moni. Un an mai tarziu a devenit diacon - primind la tunderea in marele si ingerescul chip al schimniciei numele de Nectarie, pe care l-a purtat toata viata - apoi, prin generozitatea unui crestin bogat din insula si cu ajutorul patriarhului Sofronie al IV-lea al Alexandriei, a putut sa-si completeze studiile la Atena si sa obtina, in 1885, o diploma a Facultatii de Teologie din capitala Greciei.
Tot in 1885 Sfantul Nectarie pleaca la Alexandria (Egipt), unde a fost hirotonit preot la biserica Sfantul Nicolae din Cairo. Cativa ani mai tarziu, in 1889, a fost hirotonit episcop si numit mitropolit al Pentapolei (eparhie corespunzand in acea vreme Libiei superioare) de catre patriarhul Sofronie, care l-a numit si predicator, secretar patriarhal si reprezentant al sau la Cairo.
Dar dupa doar un an a fost alungat din Egipt in urma calomniilor unor clerici invidiosi. A trebuit sa se intoarca la Atena, singur, nebagat in seama, dispretuit, in mari lipsuri materiale. A ramas cativa ani predicator (1891-1894), iar apoi a fost numit director al scolii teologice Rizarios, care forma viitori preoti. A ramas 15 ani in acest post ecleziastic.
In 1904, la cererea mai multor fiice duhovnicesti care-si doreau sa devina calugarite, a ctitorit manastirea „Sfanta Treime" de pe insula Eghina, devenita azi unul din marile locuri de pelerinaj din lumea ortodoxa. In decembrie 1908, la varsta de 62 de ani, sfantul Nectarie si-a dat demisia din postul de director al scolii teologice si s-a retras in manastirea sa din Eghina, unde a ramas pana la sfarsitul vietii.
A murit la 9 noiembrie 1920, in urma unui cancer de prostata care l-a chinuit un an si jumatate. A fost inmormantat in manastirea sa de catre ieromonahul iconar Sava, care mai tarziu a pictat prima icoana a sfantului.
In 1953 moastele sale au fost mutate intr-un mormant mai frumos. Pomenirea mutarii moastelor sale se face in ziua de 3 septembrie.
La data de 20 aprilie 1961, Patriarhia Ecumenica a Constantinopolului a recunoscut cultul de care se bucura deja sfantul si l-a proclamat sfant al Bisericii, cu pomenirea pe 9 noiembrie.