Se poate face optic (introducerea unui instrument in forma de tub) sau virtual (folosind sisteme de imagistica CT). Procedura este folosita pentru a cauta semne precoce a cancerului la colon si rect. De asemenea, este utilizat pentru a diagnostica cauzele de modificari inexplicabile in tranzitului intestinal. Colonoscopia permite medicului sa vedea tesutul inflamat, cresterile anormale, ulcere, si sangerare.