Ecuadorul este una dintre cele 17 tari megadiverse din lume, conform Conservation International. In afara de parte continentala, statul administreaza si Insulele Galapagos, pentru care tara este cel mai bine cunoscuta[necesita citare].
In Ecuador vietuiesc 1.600 de specii de pasari (15% din speciile de pasari cunoscute in lume), in zona continentala, si alte 38 in Galapagos. Tot aici traiesc 16.000 de specii de plante, 106 specii de reptile, 138 de specii de amfibieni, si 6.000 de specii de fluturi. Insulele Galapagos sunt cunoscute ca o regiune cu fauna distincta, fiind locul de nastere al teoriei evolutiei darwiniste. Arhipelagul este inclus in lista patrimoniului mondial UNESCO.
In ciuda faptului ca se afla pe lista UNESCO, Insulele Galapagos se degradeaza constant din cauza unei serii de efecte negative asupra mediului, care ameninta existenta acestui ecosistem exotic. In plus, exploatarea de petrol din padurea tropicala amazoniana a dus la eliberarea a miliarde de galoane netratate, deseuri, gaz si titei in mediu, contaminand ecosistemele, cu efecte daunatoare pentru sanatatea popoarelor indigene.