A fost fondata de greci in secolul VII i.Hr. A trecut in subordinea romanilor in 49 i.Hr. Vechiul nume grecesc e Massilia, de la Mασα (citit masa), ce inseamna "jertfa".
Marsilia a fost evanghelizata incepand cu secolul I. Potrivit legendei, predicator ar fi fost Lazar, Marta si Maria, cei trei frati prieteni ai lui Iisus Hristos.
In secolul IV se stabileste la Marsilia monahul Sfantul Ioan Casian, de origine din Dobrogea, care pune pe picioare monahismul galic. Acesta s-a nascut in anul 365 intr-o asezare situata la gurile Dunarii. A fost calugar la Betleem, calugar pelerin in Egipt, diacon la biserica St. Ioan Gura-de-aur in Constantinopole, preot la Roma. In primavara anului 416, el ajunge la Marsilia si se stabileste acolo. Construiste o cripta peste mormintele a doi martiri pentru a sarbatori Euharistia. Era un obicei al Bisericii sa alature sarbatoarea Sacrificiului lui Iisus cu sarbatoarea sacrificiului celor care au murit pentru El, iar mormintele pe care se tine slujba erau intotdeauna ale unor martiri. Absida acestei cripte a disparut, cripta fiind modificata in secolul al XIII-lea, insa din perioada paleocrestina au ramas numeroase urme ale venerarii: stalpi decorati, sculpturi, incrustatii ca figuri biblice, monograme ale lui Iisus. Sfantul Casian a murit in anul 435.