In 2001, la doar cativa ani de la descoperirea Antirhodosului, Goddio si echipa sa au descoperit un alt oras disparut al Egiptului. De aceasta data, a fost vorba de Heraclion, un oras mentionat atat de greci, cat si de egiptenii antici ca fiind un port comercial important intre Marea Mediterana si fluviul Nil. Istoricii cred ca orasul a fost inghitit de mare in secolul al VIII-lea e.n., ca urmare a unui dezastru natural. Totusi, el a continuat sa traiasca prin legende pana cand a fost redescoperit de Goddio. In situl arheologic subacvatic a fost descoperit Templul lui Amun, statui si chiar si obiecte de ceramica, din care rezulta clar ca Heraclion a fost candva un loc foarte bogat si prosper