Insula Clipperton este cel mai mic teritoriu francez in Pacific, aflat la 1280 km de cea mai apropiata coasta, cea de langa Acapulco din Mexic si la 945 km de Insula Socorro inspre nord. Cel mai apropiat teritoriu francez sunt Insulele Marchize din Polinezia Franceza, la 4018 km sud-vest.
Insula se prezinta sub forma unui atol de corali cu o forma circulara, cu o circumferinta de aproximativ 12 km. Din suprafata totala de 9 km² laguna reprezinta aproximativ 7 km², restul fiind teren uscat cu o inaltime maxima de 29 m. Datorita faptului ca evaporarea apei din laguna este mai lenta decat precipitatiile, apa din aceasta este dulce la suprafata, iar de la 6 m profunzime este sarata si putin acida. Adancimea medie este de 20 m, iar adancimea maxima este de 90 m, si datorita faptului ca laguna este inchisa, in interiorul acesteia mediul nu este propice existentei coralilor.
Insula este lipsita de vegetatie mica, in 2001 o expeditie numarand doar 674 cocotieri. In timpul colonizarii mexicane, au fost introduse numeroase plante si se cresteau porci pe insula. Dupa disparitia acestora, vegetatia mica a disparut, fiind consumata de diverse pasari si de catre crabi, care se gasesc in numar foarte mare in jurul insulei (estimati la peste 11 milioane).