Istoria Manastirii Agapia este strans legata de istoria Schitului Agapia Veche sau Agapia din deal. Denumirea de Agapia provine de la sihastrul Agapie care s-a nevoit in poiana unde se afla astazi Manastirea Agapia Veche. Deoarece manastirea din deal era greu accesibila, dupa anul 1600 unii calugari s-au stabilit aici si au construit o biserica de lemn.
Ctitorul Manastirii Agapia din Vale sau Agapia Noua este hatmanul Gavriil Coci, fratele domnitorului Vasile Lupu (1634-1653). El a construit Biserica cu hramul „Sf. Voievozi Mihail si Gavriil" in perioada 1641-1643, dupa planurile arhitectului Enache Ctisi de la Constantinopol. Lacasul de cult a fost sfintit la 12 septembrie 1646 de mitropolitul Varlaam Motoc al Moldovei, inconjurat de un mare sobor de preoti si calugari, in prezenta domnitorului Vasile Lupu.
Deasupra usii de intrare in biserica, de pe latura sudica, se afla o pisanie cu urmatorul text in limba slavona:
„In numele Tatalui si al Fiului si al Sfantului Duh, iata eu robul lui Dumnezeu, Gavriil hatmanul si Doamna Liliana, am facut si am inzestrat aceasta manastirea Agapia din nou, in zilele binecredinciosului si de Hristos iubitorului Domn Vasile Lupu Voievod. Si s-a inceput zidirea in anul 7150 octombrie 16 zile si s-a savarsit in 7152 septembrie 3 zile si s-a sfintit in 7155 septembrie 12."
In cei trei ani scursi de la zidire pana la sfintirea bisericii, ctitorii au construit careul de chilii care insotesc zidul de incinta, impreuna cu turnul-clopotnita din piatra si granit de pe latura de rasarit. Atat ctitorii, cat si domnitorul au inzestrat manastirea cu mai multe mosii, mari sume de bani, carti de cult, broderii si numeroase odoare sfinte. Hrisoavele si uricele din secolele urmatoare consemneaza noi danii de mosii, sate, vii, iazuri, mori, pravalii si salase de tigani robi facute catre manastire.
Invaziile cotropitorilor au avut urmari dezastruoase pentru manastire. De mai multe ori calugarii au fost siliti sa se refugieze in munti sau sa treaca muntii in Transilvania, lasand manastirea pustie. Mentionam doar atacurile turcilor si tatarilor din 1671-1672, cand manastirea a fost avariata; jefuirea Agapiei de catre tatari in iarna anului 1674-1675; pradarea manastirii de catre poloni in 1680, care au transformat biserica mare in grajduri de cai sau avarierea manastirii de catre ostenii regelui Sobieski in perioada 1689-1693