La data de 20 octombrie 1785 imparatul Iosif al II-lea a transformat cetatea Gherla (fosta cetate militara, construita in anul 1540) in Carcer Magni Principatus Transilvaniae (romana inchisoare centrala pentru Transilvania).[1] Pavilionul central de detinere a fost construit intre anii 1857-1860, iar in anul 1913 unitatea a fost transformata intr-un institut de preventie pentru minori.
Intre anii 1945-1964 penitenciarul a functionat ca inchisoare politica a regimului comunist, iar intre 1964 si 1989 ca inchisoare pentru detinuti de drept comun. Dupa anul 1989 a devenit penitenciar cu regim de maxima siguranta.