Estonia a fost printre ultimele tari din Europa ramase necrestinate. Tara a trecut printr-un vast proces de crestinizare, initiat de germani si danezi prin cateva razboaie in 1208, urmand ca aceasta sa fie cucerita in 1227. Din Evul Mediu si pana in Epoca Moderna, Estonia a fost controlata de diverse puteri nord-europene, precum Danemarca, Suedia, Polonia si in final Rusia. Majoritatea teritoriilor actuale ale Estoniei au fost reorganizate in Terra Mariana (traducere: Pamantul Maicii Domnului), un principat sub controlul Bisericii catolice. In 1219, nordul Estoniei a fost ocupat de cruciatii danezi, condusi de regele Waldemar II, dar in 1346 aceste teritorii au fost vandute de danezi Ordinului Livonian pentru 10.000 de marci.
In 1629, in urma tratatului de la Altmark, intreaga Livonie (care cuprindea si teritoriul actual al Estoniei) intra in componenta regatului Suediei. In 1632, ca urmare a deciziei regelui Gustave II Adolf al Suediei, este imfiintata Universitatea de la Tartu
In 1710, in cadrul marelui Razboi al Nordului, teritoriul actual al Estoniei devine parte a Imperiului Rus. Intre 1710-1712, o epidemie omoara o mare parte a populatiei Livoniei. In 1721 este semnat tratatul de la Nystad, care confirma anexarea intregii Estonii de catre Imperiul Rus. In 1715 este tradus Noul Testament in limba estoniana (dialectul sudic), iar in 1739 este tiparita prima Biblie in limba estoniana (dialectul nordic). In 1711 este inchisa Universitatea de la Tartu, fiind apoi redeschisa in 1802, toate cursurile fiind predate in limba germana pana in anul 1889, cand limba rusa devine limba de studiu. In 1816 este abolita serbia in Estland (nordul Estoniei actuale), iar in 1819 este abolita in Livonia si Saaremaa.
La 12 aprilie 1917, guvernul rus acorda Estoniei autonomie in limitele lingvistice, iar la 5 iunie 1917 este aleasa dieta estoniana, Maapaev. La 5 Noiembrie 1917, liderul bolsevic Jaan Anvelt a realizat o lovitura de stat, uzurpand puterea dietei. In februarie 1918, discutiile dintre germani si Rusia sovietica esueaza, iar germanii ocupa Estonia. Estonia si-a declarat independenta dupa invazia germana, care a urmat retragerii bolsevicilor din tara. In noiembrie 1918, germanii se retrag complet din tara, dar cateva zile mai tarziu, invazia sovietica declanseaza Razboiul estonian de independenta, care va dura pana in 1920. In 1921 Estonia este recunoscuta ca stat independent
Estonia a fost ocupata de Uniunea Sovietica in iunie 1940 ca urmare a pactului Ribentrop-Molotov si declarata republica sovietica in august 1940. In final, a devenit independenta doar dupa dezintegrarea URSS, la data de 20 august 1991. De aceea, 20 august este o sarbatoare de stat in Estonia.
In anii 1990, Estonia s-a apropiat de Europa Occidentala, fiind legata cultural si istoric cu aceasta. A devenit membra a NATO pe 29 martie 2004 si a Uniunii Europene pe 1 mai 2004.
Intre 1418 si 1562, Estonia a fost parte a Confederatiei Livoniene. Dupa Razboiul Livonian, nordul Estoniei (partea nordica a Confederatiei Livoniene, care fusese parte a regatului danez intre 1219 si 1346) devine parte a Regatului Suediei, partea sudica intra in componenta Poloniei, iar insula Saaramaa revine danezilor.
Limba estona este inrudita cu finlandeza, neavand similitudini cu celelalte limbi baltice, letona si lituaniana, sau cu limba rusa. Circa un sfert din populatie provine din comunitati vorbitoare de rusa.
Capitala Tallinn este unul dintre orasele medievale europene care s-au conservat cel mai bine, turismul reprezentand de altfel 15% din PIB-ul Estoniei. Economia se axeaza in special pe constructii de masini, industria alimentara, metalurgie, industria chimica si a produselor din lemn.
De-a lungul timpului, tara a fost sub stapanirea mai multor popoare - danezi, germani, suedezi, polonezi si rusi - aspect care se reflecta si asupra bucatariei estone. Mancarurile traditionale sunt anghila marinata, carnatul in sange si friptura de porc cu varza acra.
Printre personalitatile Estoniei se numara scriitorul Jaan Kross, a carui opera a fost tradusa in cel putin 20 de limbi, autorul epopeii nationale („Kalevipoeg"), Friedrich Reinhold, precum si scriitorul, regizorul, diplomatul si omul politic Lennart Meri.