Fujisato este situat la confluenta raului Kasuge si a raului Fujikoto in sistemul raului Yoneshiro, in nord-vestul indepartat al prefecturii Akita . Se margineste la sud cu Muntii Shirakami, situl Patrimoniului Mondial , si la nord cu Prefectura Aomori . Orasul in sine este amplasat intr-o mica vale la baza Muntilor Shirakami. Dealurile sunt pline de verde luxuriant vara, portocaliu uimitor toamna si acoperite cu zapada alba in timpul iernii. Datorita locatiei sale in mijlocul muntilor, temperatura din Fujisato poate deveni remarcabil de rece noaptea, iar ninsorile tind sa fie ceva mai mari decat cele din municipalitatile invecinate.