Borneo este inconjurata de Marea Chinei de Sud, Marea Sulu, Marea Celebes, Makassar drept, Karimata drept si Marea Java. Peninsula Malay si Sumatra sunt situate pe partea vestica a Borneo. Acesta acopera o zona de 287,000 mile patrate ceea ce face cea mai mare insula din Asia si a treia ca marime din lume. Partea malayana din Borneo este dotata cu habitate naturale unice, care adapostesc diferite flori si faune. Unele specii pe cale de disparitie din Borneo includ elefantul asiatic pygmy, orang-utanul din Bornean si leopardul Sunda innorat. Cel mai inalt punct de pe Muntele Kinabalu este Sabah, cu o inaltime de picioare 13,435. Cel mai mare sistem fluvial din Borneo este raul Kapuas, care se intinde pe kilometri 710. Alte rauri includ raul Mahakam din Kalimantan de Est care acopera o distanta de kilometri 610 si raul Barito din partea de sud a orasului Kalimantan, care se intinde pe kilometri 550.