Lucrarile au inceput in anul 1386 sub indrumarea arhitectului Afonso Domingues, care a lucrat pana in anul 1402 ii au urmat Huguet intre anii 1402 si 1438, arhitectul portughez Fernao de Evora durata anilor 1448-1477, i-a urmat arhitectul Meteus Fernandes cel Batran in perioada 1480-1515 alaturi de faimosul Diogo Boitac. Lucrarile au continuat apoi sub domnia regelui Ioan al III-lea al Portugaliei, acum adaugandu-se tribuna renascentista (1532) de catre Joao de Castillo. Lucrarile manastirii Batalha au fost sistate in momentul in care regele si-a canalizat toate puterile in ridicarea Manastirii Jeronimos din Lisabona.
Cutremurul de pamant din anul 1755 a afectat intr-o oarecare masura si manastirea Batalha, insa urmarile acestuia au fost minore in comparatie cu distrugerile cauzate de catre trupele lui Napoleon, conduse de Massena, care au atacat si ars intregul loc intre anii 1810-1811. In momentul in care calugarii dominicani au fost expulzati din complexul monahal, in anul 1834, biserica si manastirea au ramas abandonate, ajungand astfel in ruina.
In anul 1840, regele Ferdinand al II-lea al Portugaliei a inceput un amplu program de restaurare a manastirii aflata in ruina. Astfel, aceasta bijuterie a arhitecturii gotice a fost salvata de la pieire.
Lucrarile de restaurare si intarire a cladirii au fost calculate sa se intinda pana la inceputul secolului al XX-lea. Manastirea Batalha a fost declarata monument national in anul 1907. In anul 1980 manastirea a fost transformata in muzeu.