Conform traditiei, in prima jumatate a secolului al XVIII-lea, zona unde se afla astazi Manastirea Agafton era acoperita de paduri seculare. Ieromonahul Agaton (popular Agafton) de la o manastire aflata "peste deal", pe care Al. H. Simionescu o identifica cu Manastirea Doamnei [3], ctitorita de Elena Rares in anul 1552 si disparuta astazi, se retrasese ca pustnic, impreuna cu doi ucenici, in padurile din apropiere, unde se nevoiau cativa calugari. Acolo a trait ca sihastru timp de zece ani in post si in rugaciune, ajungand un duhovnic vestit in Tinutul Botosanilor.[4]
In anul 1729, vazand ca se aduna fratii in jurul lui, pustnicul Agafton „au mers in codrul ce este pe locul domnasc la ocolul Botasenilor si au curatat padure si si-au facut manastioara cu chilii si si-au pus pometi pe linga chilii" (dupa cum scrie domnitorul Grigore al II-lea Ghica intr-un hrisov din 1 octombrie 1729).[5] Acest lucru este mentionat si din Cartea Domneasca din 13 octombrie 7262 (1753) din vremea lui voievodului Matei Ghica, citata in lucrarea lui Al. H. Simionescu, spunandu-se acolo ca Agafton „cu a sa silinta si munca a facut curatitura in padure(a) Merei de s-au facut manastioara cu chilii si s-au pus si pometi".[6]
Dupa o alta legenda relatata de stareta Ambrozia Hrituc, sihastrul Agafton s-a rezemat intr-o zi de un stejar falnic din padurea Baisa si din interiorul sau a auzit glasuri ingeresti cantand Troparul Sfintilor Arhangheli Mihail si Gavriil. El a construit o biserica din trunchiul acelui copac. Pana la ridicarea schitului, pustnicul a dormit intr-un bordei, sub pamant.[7]
Intr-o poienita din mijlocul padurii, pustnicul Agafton (de la numele caruia provine si denumirea manastirii) a construit o biserica de lemn, cu hramul "Sf. Arhangheli Mihail si Gavriil". Asezamantul monahal a fost cunoscut la inceput sub numele de „Sihastria lui Agafton". Schitul s-a extins in timp pe culmea dealului si pe coastele sudica si nordica ale versantului din localitatea Agafton, la marginea padurii Baisa.
Schitul intemeiat de Agafton a avut obste de calugari pana la inceputul secolului al XIX-lea.
Manastire de maici
Turnul-clopotnita
Dupa alegerea ca mitropolit al Moldovei a lui Veniamin Costachi (1803-1842, cu intreruperi), a avut loc o reorganizare a activitatii monahale din Moldova. In anul 1803, acesta a infiintat Seminarul de la Socola, mutand maicile de acolo la Manastirea Agapia (care avea pe atunci obste de calugari). Cum in acea perioada existau in Moldova putine manastiri de calugarite, in principal cele de la Agapia si de la Varatec, mitropolitul Veniamin Costachi a dispus prin 1814 transformarea Schitului de calugari de la Agafton in manastire de calugarite, "unde au stralucit prin evlavie fiicele si vaduvele boierilor de altadata, precum si toate acele fiice din popor ce au cautat o viata de liniste si reculegere", dupa cum relateaza autorul singurei monografii cunoscute a manastirii, Al. H. Simionescu.[8]
Pana la mijlocul secolului al XIX-lea, Manastirea Agafton s-a extins, devenind una dintre cele mai mari manastiri de maici din Moldova. Aici au vietuit ca monahii numeroase fiice si vaduve de boieri provenind din familii cu rol important in istoria tarii: Pisoschi, Varnav, Curt, Buznea, Codrescu, Radu, Herescu, Tautu, Jian, Sevastos, Filipescu, Popovici, Manu, Grigoriu, Timus, Hasnas, Haret, Iurascu, Bosie, Mavromati, Gafencu, Stamatopol etc. Printre monahiile de la Agafton sunt de mentionat si cele trei matusi dupa mama ale poetului Mihai Eminescu: Fevronia, Sofia si Olimpiada Iurascu, ultima dintre ele fiind, pentru o vreme, stareta a manastirii. Traditia povesteste ca de multe ori in copilaria sa, poetul Mihai Eminescu venea pe jos, din Ipotestiul sau natal pentru a-si vizita matusile.[8]
Ca urmare a cresterii numarului de vietuitoare din manastire, bisericuta de lemn a devenit neincapatoare si s-a simtit nevoia unui lacas de cult mai mare. Intre anii 1838-1843 a fost construita o biserica de zid, cu hramul "Pogorarea Sf. Duh", dupa planurile arhimandritului Veniamin Veliscu, prin osardia staretei Agapia Curt.[9] In anul 1878 s-a construit un turn-clopotnita la vest de biserica noua.
Dupa desfiintarea schiturilor Bals, Unsa si Oraseni, calugaritele de acolo au fost transferate la Manastirea Agafton. In anul 1860, obstea manastirii era formata din 156 de calugarite.[4]
In anul 1860, potrivit legii votata de Adunarea Electiva si sanctionata de domnitorul Alexandru Ioan Cuza, Manastirea Agafton trebuia sa se desfiinteze. In urma protestelor inaintate de calugarite si de credinciosii din Botosani catre Ministerul de Justitie, Culte si Instructiune publica, hotararea a fost anulata. In 1864, manastirea a infiintat prima scoala primara din sat.[4]
In 1872, protoierul iconom C. Lazarescu a intocmit "Condica de toate Monahiile ce si afla in Monastirea Agaftonul, Plasa Targului, Judetul Botosani, formata dupe ordinul Ministeriului de Culte no.8324 din 1872". In document sunt inscrise toate calugaritele cu numele purtat, postul pe care il ocupau, locul nasterii (comuna si judet), varsta, locul si anul in care s-au calugarit, fizionomia, semnele deosebite ce le poseda. In acel an, vietuiau la Agafton 158 de monahii, conduse de stareta schimonahie Susana Pisoschi.[10] In 1874, biserica "Sf. Arhangheli" a fost largita, construindu-se un pridvor.[11]
Maicile de la Agafton au participat ca infirmiere voluntare in timpul Razboiului de Independenta (1877-1878), ingrijind ranitii pe front. Incepand din 1913 Crucea Rosie a organizat la Agafton cursuri pentru pregatirea medicala a calugaritelor, iar in anul 1915, un numar de 18 calugarite faceau practica prin spitale. In timpul Primului Razboi Mondial (1916-1918), maicile au fost repartizate la mai multe spitale pentru ingrijirea ranitilor, iar cele ramase in manastire au lucrat de mana ciorapi si manusi pentru soldati. In chiliile manastiresti au fost adapostiti aproape sase luni femei si copii refugiati din zonele ocupate.[8]
In anul 1912, mitropolitul Pimen Georgescu a infiintat aici primul atelier manastiresc de covoare, unde lucrau 30 de eleve alese din obste.[12] In anii urmatori au fost infiintate aici si alte ateliere: unul de tricotaj (1913) si unul de panzarie (1922). In aceste ateliere nu lucrau numai calugarite, aici fiind pregatite si fetele de sateni care terminau scoala primara. Elevele scolii de meserii de la Agafton urmau trei ani de studii si inca trei ani de ucenicie, dupa care putea lucra ca maistre in ateliere de specialitate.
In decursul timpului, Manastirea Agafton a cunoscut o mare dezvoltare. Ea era renumita prin atelierele sale manufacturiere, specific monahale: tesatorie covoare, broderie, croitorie, tricotaj etc. Calugaritele locuiau in case asemanatoare celor de la Manastirile Varatec si Agapia. Prin pozitia sa, manastirea a atras intotdeauna pe langa pelerinii care veneau pentru inchinare si ruga si o seama de personalitati cum ar fi: Mihai Eminescu, Nicolae Iorga, George Enescu s.a.
Biserica "Sf. Arhangheli" a ars in anul 1921, ea fiind restaurata in 1957.[11] In perioada 1955-1957, pictorul arhimandrit Vartolomeu Dolhan (1912-1980) a restaurat pictura bisericii "Pogorarea Sf. Duh" si a pictat in fresca peretii interiori ai bisericii de lemn