Inceputurile manastirii sunt obscure, pierdute in pacla deasa a timpului. S-a presupus ca, initial, manastirea de piatra ar fi fost cladita pe un locas de cult catolic mai vechi din lemn. In sensul acesta arhitectul Ion Trajanescu, interesat de istoriul manastirii, culegea pe la 1910 o legenda locala conform careia, la inceput ar fi fost o biserica, iar voievodul Radu cel Mare (posibil identificabil cu voievodul Radu I), ar fi ridicat actuala manastire pe fundatia acesteia. Sapaturile arheologice din anii 1984-1985 nu au descoperit nici un fel de indidiciu in acest sens. Cu ocazia sondarilor facute in acei ani au fost in schimb remarcate, la sud de actuala biserica, fundatiile unei cladiri vechi, probabil de secol XIV, cu dimensiunile de 19m lungime si cu grosimea zidurilor de 1,30m, incheiata cu un zid orientat nord-sud cu grosimea de 1,20m. Aceasta cladire, neexcavata total datorita amplasarii partiale sub actuala biserica, este considerata a fi biserica originala a manastirii (Gh. T. Cantacuzino). Acest fapt este argumentat de orientarea zidurilor pe axa est-vest. Ulterior, arhitectul Cristian Moisescu, presupune, datorita liniei drepte a zidului lipsit de elementele specifice arhitecturii bisericilor, ca portiunea de zid sondata reprezinta de fapt ramasitele unei vechi incinte fortificate.
O alta teorie privitoare la ctitoriile anterioare celei ortodoxe este vehiculata de prof. Gh. T. Ionescu care considera ca actuala manastire ar fi luat locul unor asezari ale catarilor (sau bogomililor), teorie care nu are nici un fel de suport argumentat.
In muzeul manastirii este pastrat un clopot spart in greutate de 250 kg cu inscriptia S-a turnat acest clopot in numele lui Dumnezeu si al Sfantului Nicolae 6965 (1456-1457), adica in timpul domniei lui Vlad Tepes insa primul document care sa ateste manastirea este un hrisov datat 27 septembrie 1485 in care egumenul de atunci, Iosif Govoreanul, cumpara cateva loturi de teren in oras (la Ramnic probabil) de la Hijul. In lipsa altor dovezi sau izvoare scrise, presupunerile in ceea ce priveste momentul intemeierii locasului de cult duc la concluzia ca acesta s-ar fi intamplat pe undeva spre mijlocul secolului XV, probabil chiar in timpul domniei lui Vlad Dracul, cum reiese dintr-un document al lui Radu cel Mare, sau chiar spre inceputul aceluiasi secol, cum reiese din pomelnicul manastirii, care incepe cu Mircea cel Batran. De altfel materialul arheologic cel mai vechi scos la lumina poate fi datat tot cam din acea perioada, exceptia facand zidul enigmatic de care am vorbit mai sus.
In timpul domniei lui Vlad Tepes se consuma un moment important, razvratirea lui Albu cel Mare, puternic feudal valcean, probabil inrudit cu Basarabii, care incearca sa-l inlature pe domn. Acesta cotropeste satele manastirii Glodul si Hinta (localitati astazi disparute) pe care le avea [...] de la inceputul Tarii Romanesti[...] (D.I.R., B. sec.XVII, vol.III, p. 4) pustiind si manastirea insasi. In urma luptelor date cu voievodul tarii, Albu cel Mare este infrant [...]si l-a prins si l-a taiat, pe el si pe tot neamul lui.. Satele sunt confiscate de la viclean insa sunt date unor alti boieri, ulterior fiind rascumparate si donate manastirii de Radu cel Mare.
Pisania cea mai veche pastrata afirma ca [...] aceasta biserica cine a zidit-o nu se stie [...] iar Radu cel Mare [...] au dires-o si au infrumusetat-o [...]. De altfel domnia acestui voievod a insemnat un moment important pentru acest locas de cult. Voievodul reface aproape din temelii biserica [...] pe care am vazut-o parasita de la sfant raposatii stramosii nostri [...] (D.I.R., B, vol.I, p. 241), ii confirma vechile danii de la Vlad Dracul, bunicul sau, Vlad Calugarul si Smaranda (Salomia), parintii sai, si ii face alte multe danii.
Altarul bisericii.
Dupa daniile facute de acest voievod, manastirea Govora, devine una dintre cele mai importante manastiri ale tarii, ieromonachii continuand sa pastreze si sa sporeasca mosiile ce intretineau viata monahala si spiritualitatea ortodoxa. In primavara lui 1611, in urma invaziei si jafului armatelor principelui Transilvaniei, Gabriel Bathory, lacasul este cu siguranta afectat, insa documentele nu consemneaza acest lucru, pagubele suferite fiind probabil minore.
In timpul domniei lui Matei Basarab, in urma unor ample lucrari de reconstructie, reconsolidare si extindere, conform opiniei istoricului H. Stanescu („Arhivele Olteniei", 1936, p. 424), aici se instaleaza, in 1637, a doua tipografie cunoscuta din Tara Romaneasca. Inca din primii ani de functionare, de sub teascurile acestei tipografii vor cunoaste lumina tiparului lucrari importante ale culturii medievale romanesti precum Psaltirea slavoneasca la 1637-1638 si mai ales la 1640 prima lucrare tiparita in limba romana Pravila bisericeasca cunoscuta sub denumirea de Pravila de la Govora, in traducerea calugarului Mihail Moxa. De altfel egumenul Meletie Macedoneanul, cel care a supravegheat si incurajat activitatea de tiparire, este unul dintre cei mai importanti stareti ai manastirii, in cei 4 ani cat a condus lacasul (1636-1640) l-a facut cel mai renumit si mai bogat asezamant monahal al tarii a acelui veac.
Un alt staret important a fost ieromonahul Paisie (1683 - 1715), in timpul caruia biserica manastirii este refacuta caci era „[...] prea invechita si crapata, cat ii venea vremea a cadea [...]“ (Ghenadie Enaceanu, „Vizite canonice", Bucuresti, 1892, p. 23) iar interiorul a fost zugravit asa cum se vede si astazi. Cu aceasta ocazie a fost zugravit in pronaus si chipul domnitorului Constantin Brancoveanu; cat estede real, greu de stabilit, insa cu certitudine este cea mai veche reprezentare a chipului marelui carturar. Acelasi staret reface si sporeste mijloacele de intretinere ale calugarilor, de altfel toate reparatiile fiind facute pe cheltuiala manastirii. Plecarea din scaunul staretiei manastirii Govora a acestui bun gospodar este legata indisolubil de decapitarea marelui voievod Constantin Brancoveanu, legaturile dintre acestia, sau relatiile ieromonahului cu viata politica a epocii, ramanand inca necunoscute.
Alte reparatii, la chilii si trapeza manastirii, sunt facute de catre staretul Stefan Manastireanu (1762 - 1774; 1778 - 1782), lucrarile fiind continuate de Mihail Tetoianu (1775 - 1778), iar ieromonahul Anatolie (1782 - 1787) reface usa cea mare a clopotnitei stricata de Florea hotul si picteaza bisericuta cea mica a egumenului Ilarion (lucrare executata de zugravul Dimitrie).
Dupa acesta perioada de inflorire urmeaza decaderea, culminand cu perioada de staretie a arhimandritului Constandie (1805) care [...] lipsit de minti [...] (Aurelian Sacerdoteanu, „Pomelnicul Manastirii Govora" in „Mitropolia Olteniei", nr.10-12/1961, p. 821) a arendat pagubos parte din mosiile manastirii pe mai multi ani, bagand manastirea la grele datorii.
Egumenii ce i-au succedat, greci dupa nastere, au sporit starea de decadere judecandu-se cu creditorii, pentru ca in 1814 toate averile manastirii sa fie trecute in posesia Epitropiei spitalului strainilor, iar manastirea nu a mai inregistrat nici un staret pana in 1842.
In timpul staretului Nicandru Vasilescu (1863 - 1882) sunt refacute chiliile, adaugandu-se inca un etaj la cel existent. In timpul reparatiilor la cladirea Episcopiei Ramnicului (1890) episcopul Ghenadie Enaceanu se muta temporar la manastirea Govora, cu aceasta ocazie facandu-se unele reparatii si inbunatatiri la cladirile anexe.
Pe 20 iulie 1959, regimul comunist, printr-un act arbitrar, modifica statutul manastirii, transformand-o in manastire de maici prin aducerea a 21 de calugarite de la Manastirea Bistrita (judetul Valcea), in frunte cu stareta acestora Evghenia Racovita (1959 - 1964). Maicile care au urmat in staretie, au contribuit la refacerea si modernizarea vietii monahale din acest lacas de inchinaciune, astfel ca, in ziua de azi, Manastirea Govora se prezinta ca un giuvaer al artei medievale romanesti bine conservat si apt de a duce mai departe spiritualitatea acestui neam.