Bahrainul a fost un antrepozit pentru comertul intre India si Arabia din secolul al V-lea i.H.
Portughezii au fortificat Bahrainul in secolul al XVI-lea, dar au fost izgoniti de catre sahul persan Abbas I la inceputul secolului al XVII-lea.
La sfarsitul secolului al XVIII-lea a devenit parte a Imperiului Otoman, condus de un seic. In 1820, Bahrainul a inceput tratative cu Marea Britanie si a devenit protectorat al Marii Britanii in 1861. In 1971 a devenit emirat independent condus de Amir Isa bin Sulman al-Khalifa (pe tron din 1961) dupa ce fortele britanice s-au retras din regiune.
In iunie 1995 si la inceputul lui 1996 au avut loc miscari de protest, care au dus la arestarea a peste 600 de disidenti.
Dupa ce emirul fondator a murit in 1999, fiul acestuia, Hamad bin Isa al-Khalifa, a eliberat in februarie 2001 prin amnistie 4000 de detinuti politici, a abrogat Legea Securitatii Statului si a desfiintat Tribunalul de Securitate a Statului. S-a tinut un referendum, aprobat cu 98% din voturi, prin care se reintroducea parlamentul, se instituia un sistem judiciar independent si se dadea femeilor dreptul la vot.
Din februarie 2002, Bahrainul este o monarhie constitutionala, seicul Hamad bin Isa al-Khalifa declarandu-se rege.
In februarie 2011 au avut loc proteste soldate cu morti si raniti dupa ce fortele de ordine au tras in demonstrantii pasnici.
Dezvoltarea Bahrainului modern este legata de exploatarea si prelucrarea petrolului, inceputa in anul 1932 in Golful Persic. Pana atunci, locuitorii statului Bahrain traiau din agricultura, pescuit, cultivarea si comercializarea perlelor naturale sau de cultura si schimburi comerciale. Rezervele de petrol ale Bahrainului sunt insa pe cale de epuizare. Estimarile apreciaza ca exploatarea petrolului emiratului va continua pana spre jumatatea secolului al XXI-lea, facand necesara o noua strategie de dezvoltare. De aceea, de cativa ani a inceput restructurarea economiei: accentul este pus pe dezvoltarea de noi ramuri industriale (industria aluminiului), atragerea de investitori straini datorita existentei unei retele de transporturi si telecomunicatii foarte bine dezvoltata, servicii financiare off-shore, turism, comert regional, desalinizarea apei de mare pentru ameliorarea alimentarii cu apa potabila si pentru agricultura moderna.
Rezervele de petrol s-au terminat pe la mijlocul anilor 1970.
Bahrainul gazduieste Flota a Cincea a Statelor Unite ale Americii.