Exista mai multe ipoteze privind originea numelui orasului. Una dintre cele mai vehiculate este cea care considera numele format din cuvintele latine „nuova" (nou) si „ara" (altar), cu alte cuvinte „Altarul nou". Este considerata mult mai verosimila ipoteza care considera numele original „Novara" derivat de la „Novalia", care in epoca romana era un termen generic pentru noile pamanturi colonizate, transformate in terenuri cultivabile.
Orasul a fost infiintat in jurul anului 89 i.Hr. ca o colonie de drept latin, cu ocazia acordarii cetateniei latine triburilor celtice din Galia Transpadana. In epoca imperiala Novaria era un important municipium si era situata pe drumul dintre Vercellae (Vercelli) si Mediolanum (Milano). Din timpul romanilor s-a mentinut pana in zilele noastre sistemul de strazi perpendiculare. Dupa ce orasul a fost distrus in 386 d.Hr. de catre Magnus Maximus, pentru vina de a fi pactizat cu rivalul sau Valentinian al II-lea, a fost reconstruit de Teodosie I. Ulterior orasul a fost jefuit de Radagais (in 405) si de Attila (in 452). In timpul dominatiei Longobarde Novara, probabil mult decazuta, nu a fost sediul unui ducat. In timpul lui Carol al III-lea (“cel Gras") tinutul devine un comitat. Orasul s-a dezvoltat devenind ulterior comuna libera. In 1110 este cucerita si distrusa de catre Henric al V-lea, iar dupa aceea in 1167 facea parte din Liga Lombarda. In perioada de la sfarsitul secolului XII si inceputul secolului XIII Novara si-a asigurat controlul asupra unei bune parti din tinut, cu exceptia enclavei episcopale Riviera San Giulio. La sfarsitul secolului XII a acceptat protectia din partea orasului Milano si a devenit in consecinta domeniul familiei Visconti si apoi al familiei Sforza. In 1706 Novara, care fusese deja cedata de o buna perioada de catre Filip Maria Visconti lui Amedeo al VIII-lea de Savoia, a fost ocupata de trupele casei de Savoia. Cu pacea de la Utrecht, orasul, impreuna cu Milano, devine parte din imperiul Habsburgic. Dupa ocupatia din 1734 de catre Carol Emanuel I, trece, in anul succesiv, sub dominatia casei de Savoia. Dupa campania din Italia a lui Napoleon Buonaparte Novara devine capitala departamentului Agogna, pentru a fi apoi din nou data casei de Savoia in 1814. Pe 8 Aprilie 1821 Novara a fost teatrul unei batalii in care trupele regulate sarde si austriace i-au invins pe liberalii constitutionali piemontezi; in si mai teribila Batalie de la Novara din 23 Martie 1849, armata piemonteza a fost invinsa de austriecii maresalului Radetzky; acest lucru a dus la abdicarea lui Carol Albert de Savoia si la ocuparea orasului de catre austrieci. Infrangerea piemontezilor poate fi vazuta ca inceputul miscarii de Unificare a Italiei.